自一九九九年八月國美館封館與暫停相關活動，準備進行修館工程，至今歷經五年，期間遭遇了九二一震災、配合新舊法的調整、監察院的調查，又因經濟不景氣工程多次招標流標，預算不足加上國際鋼價上漲，導致整修成本不斷上漲而多次向上爭取追加預算，期間更因封館時間過長造成外界抱怨反彈，但這一連串的艱苦遭遇阻止不了這座美術館排除萬難迎接新生。
兼具國際與在地的建築設計
在張哲夫建築團隊「人與自然交織」的設計理念下，建築設計充分表現現代化建築的俐落線條，並兼具國際建築語彙，以在地的人文精神與台灣美術發展的企圖為經緯，以大氣度之姿重新展現國家級美術館的建築風采。主體建築外觀並無太大改變，最大的不同在於更改大門入口處、加設一座由戶外延伸至館內的中央空橋，以及原美術廣場擴建為下凹式庭園。