保存浩瀚的台灣總督府諸檔，需要智慧、遠見及毅力；而從妥善保存到提供利用，同樣也是一段無比艱辛的路程，腳印一步一步地拓。

前數位時期

　　1979年，在動盪的政治氛圍之下，「台灣總督府檔案」第一次被全面性地逐頁開展，進行為期8年的微捲攝製計畫，總共完成1686捲（包括總督府檔案及總督府府報在內）珍貴的史料微捲，踏出最困難的第一步。

　　不過，台灣文獻館研究員陳文添指出：「此次製作微捲因仍屬創舉，難免有幾點缺失：首先是沒有檢索點的設計，利用時需耗費較長時間；另外是為省經費而兩面同時拍攝，以至於出現一面清晰一面卻模糊的現象；不唯如此，為趕進度，也未採前後頁以白紙隔開，遂照到後頁字跡，增加文字判讀困難；而當時的廠商並不了解日文，也有脫頁情形，甚至因求速度而損及原檔。」

　　到了1993年，面對各界要求並考慮科技的進步，當時的台灣省文獻會遂訂定了長達15年的「日治時期檔案製作光碟計畫」，打算將「鎮會三寶」完全製成光碟，並同時開發資料庫系統、建立目錄索引檔。

　　但計畫只進行了3年便因故中止，改由文獻會與中研院簽署學術合作協議書，從1997年起利用5年時間，採取彩色影像檔方式進行《台灣總督府檔案》和《台灣總督府專賣局公文類纂》的光碟化作業。

　　到2001年合作計畫結束，共計完成《台灣總督府檔案》2000冊，以及《台灣總督府專賣局公文類纂》A3以下檔案656萬餘頁的數位掃描，和28萬餘筆的完整目錄，成就「台灣總督府公文類纂查詢系統」資料庫的開放運用，塵封逾半個世紀的珍貴史料終於光芒再放。

使用數位典藏

　　2002年，改隸為國史館的台灣文獻館，加入「數位典藏國家型科技計畫」，延續未竟之功，繼續就《台灣總督府檔案》和《台灣總督府專賣局公文類纂》之附件大圖，以及光復初期台灣行政長官公署檔案進行數位化工作；2007年開始的第二期計畫，則是鎖定總督府府報、台灣鹽業檔及台灣省級機關檔案，一步步整理、典藏，提供廣大使用者最便利的e化服務。

　　負責文獻館史料數位典藏業務的林志祥表示，「台灣總督府公文類纂查詢系統」可提供我國國民申請閱覽，檔案檢索資料庫內容包括總督府公文類纂A3以下數位影像檔360餘萬頁，以及28萬餘筆後設資料。每人以申請一個帳號為限，影像閱覽費每張新台幣2元，機關團體申請使用則以新台幣一萬元為一個申請單位，可取得10個使用權及6千張影像閱覽權，期限一年。

　　至於「日治時期與光復初期檔案整合查詢系統」，林志祥指出，相較於「台灣總督府公文類纂查詢系統」，本系統在資料庫內容及查詢功能結構上均有極大變革。

　　在內容上，整合了總督府檔案13,146冊已數位化之全部檔案、專賣局檔案12,815冊已數位化之全部檔案及台灣行政長官公署檔案5,226卷；至於檢索功能則有全文檢索及關鍵欄位檢索，此外還提供專業研究者使用全宗、系列、卷之層級瀏覽查詢功能。最重要的是，此資料庫是免費對外開放查詢閱覽，只有與前述「台灣總督府公文類纂查詢系統」需付費的影像檔重疊部分暫不開放。

　　最後是「數位典藏管理系統」，據林志祥的說明，其主要功能之一是提供台灣文獻館已數位化之檔案給至該館閱覽典藏檔案史料者運用，解決長期以來掃描影像檔案數量龐大，但需內容分析為後設資料後才能開放查詢應用的不便，現在不必長久等待就能直接在網路上閱覽。

　　林志祥在他的一篇文章中引用典藏國家型科技計畫總召集人曾志朗的生動描述，來表達台灣文獻館汲汲於數位典藏的夢想：「我們調整時間、空間與語言文字的座標，就可以把數位文化典藏的平台當作時間機器，想到哪一段歷史去遊蕩，就大喊一聲：『時空行者，我來也﹗』」