首都作為一個國家的政治、經濟與文化發展中心，必肩負著傳遞該國文化形象的重責大任。行政院文化建設委員會先前提出勾勒「首都文化園區」的概念，將透過「文化意象」串聯已規劃好範圍之內零散的古蹟建築，進行動線、空間與文化性整合。博物館在國家認同及文化意象的呈現上既具有相當的影響力，而首都博物館正是呈現該國文化發展菁華的最佳窗口。
三大主題的台博館系統
為了重現台北舊城的歷史新風貌以及提升台灣首都的文化意象，文建會規劃包含三大主題的「台灣博物館系統」。在建構計畫中，未來國立台灣博物館現址將串聯土地銀行舊址，並朝館前地下層擴展以增建展場及典藏空間，成為「台灣自然史博物館」。另外，還有正在進行規劃整修的台灣鐵路局舊址，日後則將規劃設計為「台灣現代性博物館」，以呈現台灣知識及交通建設等現代化的發展過程。最後則是「台灣產業史博物館」，將使用公賣局現址作為其館址，而它將呈現台灣早期傳統產業對台灣經濟發展之貢獻。
因此，該系統的前導計畫就是透過古蹟保存與再利用，以促進土地開發及都市計畫容積轉移之進度，同時並善用台北本身即蘊含的豐富文化資產，經過重新規劃與詮釋，以建構一個有完整網路的首都文化核心園區。
在此計畫中，文建會以台灣本土第一座的自然史博物館－「台灣博物館」作為核心。該館前身為「台灣總督府民政部殖產局附屬博物館」，創立於日治時期1908年，當時專責台灣本島學術、技術、產業相關文物的收集、陳列工作。曾經作為代表與彰顯台灣知識現代性的展示窗口，開啟了台灣博物誌的扉頁。
台博館的建築風格融合文藝復興和巴洛克時期的風格，是台灣日治時期唯一能度過戰火、經歷政權更迭，至今仍於原址開放營運的博物館。台博館建築的完成在當時可說是無人出其右，而其壯碩的建築形態與優美的古典雕塑工藝，80年來一直被視為台灣近代難得一見的建築瑰寶。
5月18日重新對外開放
甫接任台博館的蕭宗煌先生有別於以往歷任館長的風格。為求完善以及該館的長期經營性，蕭館長認為原先在去年年底就已結束的整建工程並不足夠，加上第三期包含屋頂防漏及結構補強等的防水防震工程。而該館已在5月18日「國際博物館日」重新對外開放。
事實上台博館的整建工程已歷時兩、三年，過程非常艱辛。蕭館長表示，由於早期經營績效不好，而撥給該館的經費也常常有斷層，然而為了其長期經營，這些都是必要的。館長指出，事實上，在接近上世紀末時，全世界許多聞名的大型博物館都在進行整建修復的工作。例如，法國的羅浮宮、大英博物館、德國的柏林博物館、以及美國新建立的人類學博物館。
雖然台灣民眾一般對於文化方面的訊息接受度較慢，而且態度也顯得冷漠。然而，我們已經步入21世紀，代表著一個新的開始，對於城市文化是怎樣的面貌，應該重新作一個思考。蕭館長表示，有此建構藍圖的動機是因為過去國外人士或國內的民眾參觀台灣的文化建設，不是從故宮博物院開始，要不就是台灣歷史博物館，或是台北市立美術館。他強調，博物館代表的是一個國家文明發展的櫥窗，但是民眾參觀完這些地方之後，對台灣歷史的發展還是沒有一個清楚的概念。
全面性清查文物 百年大業不馬虎
蕭館長在到任後的最大改革性動作就是從2001年起在文建會指導下，開始針對館藏標本文物進行歷年來首次全面性清查、修復與數位化建檔保存等工作。蕭館長表示，這些全面性的大動作可以釐清外界對於台博館是否有遺失典藏文物的猜測與疑慮。而台灣的博物館極少作過這樣全面性的清查工作，惟有故宮在國民政府播遷來台時，進行過一次全面性清查。館長進一步強調，這一龐大的計畫結合文史、科技、博物館、文物修護等方面的學者專家，在周詳的分析考證下，分階段、分類別進行，堪稱完成百年大業。
而有關博物館未來的營運方式，館長指出最主要的還是管理者本身的心態，以及其經營方式細膩的程度。他指出，從建築風格來看，不管是故宮或者是台博館，民眾要去參觀的話，都得要沿著長長的階梯往上攀爬，基本上就讓人有一種高高在上而且難以親近的感覺。
化被動為主動的經營形態
館長表示，隨著時代的演進，雖然建築是不可能改變的，但是服務民眾的方式是可以調整改進的。因此，不會再以呈現物品並期待民眾自行來參觀的被動心態經營。相反地，會伸出觸角，主動地去接觸民眾。因此，台博館未來展覽形態將採取現代博物館的方式。例如，會以許多「情境式」的設計來作展示。蕭館長強調，雖然這樣做法花費龐大，而且每個展期也都有限，但作為一個要長久經營下去的博物館，我們希望呈現給民眾最好的東西。
在台博館系統建立完成後，這不僅會豐富台北首都核心區的文化空間魅力，更有助於大幅提升台灣知識展示水準的國際地位。這也是為打造台灣為一個文化國家的理想跨出關鍵性的一步。基於這點，文建會已規劃從今年6月7日起至9月15日於捷克的國家博物館舉辦「千面福爾摩沙－－台灣的自然與傳統」特展。期待透過雙方的文化交流，將台灣豐富、多樣、獨特的人文生態介紹給捷克以及歐洲地區的友人了解。